Kaum war der Meiendorfer SV gegründet, stand auch schon der erste Ärger ins Haus. Da man sich bei der Vereinsgründung auf eine schwarze Spieltracht mit gelben Wappen einigte, war dem Verband die Verwechslungsgefahr mit den Schiedsrichtern, zu der Zeit komplett in schwarz auflaufend, zu groß. So drehte man die Farben einfach um und lief fortan mit gelben Trikots auf.
Seine Kinderjahre verbrachte der MSV in den Amateurklassen und machte erstmals 1983 mit dem Aufstieg in die Verbandsliga, der damals höchsten Hamburger Spielklasse, auf sich aufmerksam. 1995 schafften die MSV-Kicker sogar den Aufstieg in die Oberliga Hamburg/Schleswig-Holstein, stiegen jedoch umgehend wieder ab.
Nach einem Intermezzo in der Landesliga (1999-2001) gelang dann der direkte Durchmarsch in die Oberliga. 2004 qualifizierten sich die Meiendorfer durch einen vierten Platz für die neue eingleisige Oberliga, aus der sie 2006 wieder abstiegen. 2008 und 2009 verpasste der MSV den Aufstieg als Zweiter nur knapp. In den Folgejahren errang man stets einen Platz im gesicherten Mittelfeld.
Die Heimat des MSV ist das schmucke Stadion Meiendorf (2.500 Plätze), direkt an der B 75 gelegen. Im Jahr 2015 wurde das Stadion in "Meiendorfer Flens-Arena" umbenannt. Im gleichen Jahr wurde der Trainingsplatz im "Sportpark Meiendorf" vom Grand- in einen Kunstrasenplatz umgebaut.